L'histoire suit en grande partie les comics IDW Publishing commencé en 2011 et toujours en cours. C'est un univers plus mature, vaste et troublé que celui de l'animé de 1987-1996. Plusieurs personnages ont une origine / fonction différente, par exemple April O'Neil n'est pas une journaliste dans cette univers, c'est une étudiante en sciences. L'histoire de splinter, du clan foot et des tortue est beaucoup plus approfondi, tout comme la description de la dimension X.
Voici la liste des personnages et leur contact, en rouge et italique les PNJs.
Famille Hamato et principaux alliés

Leonardo
Espèce : ♂ Humain réincarné en tortue devenue mutante.
Caractéristiques : Fils d’Hamato Yoshi, exécuté par Oroku Saki au XVIIe siècle, puis réincarné en tortue de laboratoire au XXIe siècle. Devenu tortue mutante et chef de son équipe. Il est l’aîné des quatre frères et un fervent adepte du Bushido.
Armes : paire de katanas, couteau, shurikens.

Donatello
Espèce : ♂ Humain réincarné en tortue devenue mutante.
Caractéristiques : Second fils d’Hamato Yoshi, exécuté par Oroku Saki au XVIIe siècle, puis réincarné en tortue de laboratoire au XXIe siècle. Devenu tortue mutante douée d’une très grande intelligence.
Arme : bâton bō.

Raphael
Espèce : ♂ Humain réincarné en tortue devenue mutante.
Caractéristiques : Troisième Fils d’Hamato Yoshi, exécuté par Oroku Saki au XVIIe siècle, puis réincarné en tortue de laboratoire au XXIe siècle. Devenu tortue mutante, Il est le plus fort, solitaire et colérique des quatre frères.
Armes : paire de saïs, shurikens.

Michelangelo
Espèce : ♂ Humain réincarné en tortue devenue mutante.
Caractéristiques : Dernier Fils d’Hamato Yoshi, exécuté par Oroku Saki au XVIIe siècle, puis réincarné en tortue de laboratoire au XXIe siècle. Devenu tortue mutante, il est sociale, empathique, cherchant à faire le bien.
Armes : paire de nunchaku et grappin.

Hamato Yoshi / Splinter
Espèce : ♂ Humain réincarné en rat devenu mutant.
Caractéristiques : Ancien membre du Foot Clan exécuté par Oroku Saki pour trahison et désertion. Réincarné en rat de laboratoire devenu mutant et père de quatre enfants devenus des tortues.
Armes : bâton, sabre, et tous types d’armes japonaises.

April O'Neil
Espèce : ♀ Humaine.
Caractéristiques : Etudiante en sciences, petite amie de Casey Jones et amie des tortues et de Splinter.
Armes : N/A

Casey Jones
Espèce : ♂ Humain.
Caractéristiques : Amateur de hockey, justicier des rues de New York, petit ami d’April O’Neil et ami des Tortues Ninja.
Armes : battes de baseball, crosses de hockey.

Alopex
Espèce : ♀ Renarde polaire mutante.
Caractéristiques : Renarde polaire capturée et mutée par le Foot Clan. L’une des meilleures recrues de Shredder avant que celle-ci ne le trahisse et rejoigne les tortues.
Armes : ses griffes et son agilité.

Angel Bridge / Nobody
Espèce : ♀ Humaine.
Caractéristiques : Ancien leader des Purple Dragons, justicière sous l’identité de Nobody, portant une combinaison fabriquée par Harold Lillja.
Armes : deux bâtons, sa combinaison hi-tech, grappin, gant anti-gravité et nombreux gadgets incorporés.

Harold Lillja
Espèce : ♂ Humain.
Caractéristiques : Scientifique, rival et ami de Donatello. Créateur du gantelet anti-gravité, de Metalhead, du manteau d’invisibilité, de la tenue de Nobody.
Armes : N/A
